Im folgenden Beitrag zeige ich ein einfaches Beispiel wie das Speichern von Strings mittels h5py als Dataset in HDF5 Dateien funktioniert.
HDF5 Daten als wissenschaftliches Speichermedium
In einem meiner R&D Projekte in der Medizintechnik führen wir Schnelltests (z.B. Blutzucker oder COVID Antigen Tests) auf sogenannten Point-of-Care Geräten durch. Dabei sind die Geräte, die sich noch in der Entwicklung befinden, so eingestellt, dass sie ein DEBUG Log erzeugen. Dieses Log ist natürlich von essentieller Bedeutung für die daran beteiligten Wissenschaftler und muss für tausende von durchgeführten Tests verfügbar und mit wissenschaftlicher Analysesoftware auszuwerten sein. Zusätzlich entstehen Messdaten der verschiedenen Sensoren und ausserdem gibt es für jeden Test einen Satz von Metadaten. Ein ideales Werkzeug sind dafür Dateien im HDF5 Format. Für jeden Test ensteht also eine HDF5 Datei, die im R&D Fall auch das DEBUG Log enthält.
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